Kelestarian Taman Nasional Aketajawe Lolobata didukung oleh upaya pengelolaan dan penelitian yang melibatkan lembaga konservasi dan masyarakat adat. Kawasan ini diakui sebagai wilayah penting bagi burung endemik oleh organisasi internasional sebagai bagian dari hotspot Wallacea. Komunitas lokal seperti suku Tobelo Dalam hidup di sekitar taman dengan kearifan tradisional yang berkontribusi pada pelestarian hutan.

Program-program konservasi di Taman Nasional Aketajawe Lolobata meliputi pemantauan spesies, pemetaan ekosistem dan penguatan kapasitas masyarakat sekitarnya. Salah satu tantangan adalah mengendalikan penebangan liar dan aktivitas tambang yang mengancam habitat alami kawasan ini. Melalui kolaborasi aktif berbagai pihak, taman ini berupaya menjaga fungsinya sebagai paru-paru alam dan warisan bagi generasi mendatang.