Kawasan hutan Aketajawe dan Lolobata sebelumnya memiliki status sebagai cagar alam. Pemerintah kolonial Belanda sudah mengakui nilai ekologisnya sejak lama. Kemudian statusnya ditingkatkan untuk melindungi kekayaan hayati yang semakin terancam.

Pemerintah Indonesia secara resmi menetapkannya sebagai taman nasional pada tahun 2004. Keputusan ini berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehutanan bernomor 397. Langkah ini menggabungkan dua blok hutan menjadi satu kesatuan pengelolaan.

Kini pengelolaan kawasan berfokus pada perlindungan satwa endemik Wallacea. Masa depannya mengintegrasikan kearifan lokal dengan ilmu konservasi modern. Target kami menjadikannya pusat penelitian dan ekowisata berkelas dunia.